Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 734,281 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 734,281 | 0 | A | T | 99.7% | 773.5 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 734,282 | 0 | G | C | 99.7% | 788.3 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (167/161); minor base T (1/0); total (168/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 734,283 | 0 | C | G | 100.0% | 790.8 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (168/161); total (168/161) |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
ACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCG‑AGCTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGT > CP042583/734007‑734552 ||| ggTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTaa < 1:1118599/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |