| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 738,481 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 738,481 | 0 | A | T | 99.5% | 909.8 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (193/186); minor base C (2/0); total (195/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 738,482 | 0 | G | C | 99.7% | 909.2 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (193/186); total (195/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 738,483 | 0 | C | G | 100.0% | 918.4 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (195/186); total (195/186) | |||||||||||
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
GAAAATTAGTAAAAGAGTAATTTACGTATGTCCAGAATCAATAAGTTCGTACTTACAGTCAGTCTGCTGATTTTTATCATGATTAGTGCAGTTGCCTGCGGGATCTACACTCAAATGGTAAAGGAACGGGTGTATAGCCTGAAACAGTCCGTTATTGATACTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACAGCGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCTCTATCCGGTAACTCACAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGGAGCGTTTTTCTTTACTGAGTAAAAGCCTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTT > CP042583/738202‑738761 ||| gAAAATTAGTAAAGGAGTAGTTTACGTATGTCCAGAATCAATAAGTTCGTACTAACAGTCAGTCTGCTGATTTTTATAATGATTTCAGCAGTTGCATGCGGGAGCTACACTCAAATGGTAAAGGAACGGGTGTATAGCCTGAAACAGTCCGTTATTGATACTGCTTTAGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATAGGCGTAGCGTGGCAATTGATTTTATCAACACGCTAAATTCCACGGAGCAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGACCAGCTTAAGCCGACCTGGTTTcc > 2:1419437/1‑288 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aTAAGTTCGTACTTACAGTCAGTCTGCTGATTTTTATCATGATTTCAGCAGTTGCCTGCGGGATCTACACTCAAATGGTAAAGGAACGGGTGTATAGCCTGAAACAGTCCGTTATTGATACTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCct > 1:2815252/1‑252 (MQ=255) cGTACTTACAGTCAGTCTGCTGATTTTTATCATGATTTCAGCAGTTGCCTGCGGGATCTACACTCAAATGGTAAAGGAACGGGTGTATAGCCTGAAACAGTCCGTTATTGATACTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGaa > 2:104844/1‑289 (MQ=255) ttACAGTCAGTCTGCTGATTTTTATCATGATTTCAGCAGTTGCCTGCGGGATCTACACTCAAATGGTAAAGGAACGGGTGTATAGCCTGAAACAGTCCGTTATTGATACTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTAt < 1:2179362/289‑1 (MQ=255) cagtcagtCTGCTGATTTTTATCATGATTTCAGCAGTTGCCTGCGGGATCTACACTCAAATGGTAAAGGAACGGGTGTATAGCCTGAAACAGTCCGTTATTGATACTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCa > 1:2663062/1‑289 (MQ=255) tgatttcagCAGTTGCCTGCGGGATCTACACTCAAATGGTAAAGGAACGGGTGTATAGCCTGAAACAGTCCGTTATTGATACTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTc < 1:1552022/256‑1 (MQ=255) gatttcagCAGTTGCCTGCGGGATCTACACTCAAATGGTAAAGGAACGGGTGTATAGCCTGAAACAGTCCGTTATTGATACTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAattat < 1:341364/282‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |