Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 738,955 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 738,955 | 0 | A | T | 100.0% | 731.9 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 738,956 | 0 | G | C | 99.7% | 726.1 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (144/160); minor base A (1/0); total (145/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 738,957 | 0 | C | G | 100.0% | 732.6 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (145/160); total (145/160) |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
CAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGGAGCGTTTTTCTTTACTGAGTAAAAGC‑CTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTAGCGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATAAGCGGTGCCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTGGTATTGTGGAGAAAGAAGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGC‑GGGCTTTTCTTTAGCGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACAGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGAC > CP042583/738675‑739236 ||| caATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGGAGCGTTTTTCTTTACTGTCAAAATCG‑CTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTTCGGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATATCGGGTGcc > 1:596950/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |