| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 463,616 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 463,616 | 0 | A | T | 99.8% | 978.1 / NA | 414 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (197/215); minor base C (1/0); total (199/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,617 | 0 | G | C | 99.3% | 963.5 / NA | 414 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base C (195/214); minor base A (2/1); total (199/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,618 | 0 | C | G | 99.5% | 985.9 / ‑6.1 | 414 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (199/213); minor base T (0/2); total (199/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 414 total aligned reads displayed.
ACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGAGCGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGG > CP042583/463340‑463892 ||| cGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTTCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGGGTCGGAAAAGCAGGATTTAGGTTTTAt > 2:2917200/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |