| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 746,648 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 746,648 | 0 | A | T | 99.5% | 920.1 / NA | 386 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (202/181); total (202/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 746,649 | 0 | G | C | 100.0% | 925.1 / NA | 386 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (202/184); total (202/184) | |||||||||||
| * | CP042583 | 746,650 | 0 | T | A | 100.0% | 928.9 / NA | 386 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (202/184); total (202/184) | |||||||||||
Only 100 of 386 total aligned reads displayed.
ATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGG‑TGCTTTACGAATTTAGTACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTAGCATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGAGCGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTT > CP042583/746368‑746927 ||| cTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGG‑TGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCgg < 2:3206036/289‑1 (MQ=255) aTTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGG‑TGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCaa < 2:2142737/289‑1 (MQ=255) cTCAAGCGGCCTGTTTGCGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACGTAAAGCACGCGTAGCTATACTCGTAATAAGGCAAGCATGTGCTTAACCGTCGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTTGCTGCGCTTTTATTAGACTCTGCGCGATTATTGTTTGCGATTAAATTGCATGCACAAATAATTCACCTCCGGTGTGCGGCTGTGTCTGCATGCTTTACTTTTCCCTCTCTGCGCGC‑CGCTCTACGTTTTCTCAACCTATTTCGGCACCGatat > 2:3313766/1‑289 (MQ=255) aaGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTTAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTTTGG‑TGCTTTACGAATTTTCAACCTATAGCGTCAACtatacgct > 2:2257038/1‑285 (MQ=255) 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aataaaACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGG‑TGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGata < 1:2690079/242‑1 (MQ=255) aataaaACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGG‑TGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAAc > 2:1955040/1‑275 (MQ=255) aataaaACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGG‑TGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGc > 1:1446204/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |