| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 747,404 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 747,404 | 0 | A | T | 98.9% | 646.8 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (126/148); minor base C (3/0); total (130/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.97e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,405 | 0 | G | C | 99.3% | 650.5 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (128/149); total (130/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,406 | 0 | C | G | 98.2% | 634.7 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/0); new base G (124/148); total (130/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
GTCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTACGTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGC‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTG > CP042583/747126‑747685 ||| gTCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCa > 1:1921416/1‑288 (MQ=255) aTGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgtacgttcgctga < 1:823111/289‑8 (MQ=255) ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcgg > 1:136117/1‑289 (MQ=255) ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGGTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTGCCGCCGCACCGTACGTTCGGTGATTATTATGggcgg > 2:26916/1‑289 (MQ=255) ccAAGCATATAGGCGAGAAACTGACACTGAAAGAACGCGGTCGTAACTATAAGCTTGTGCTGAAGAACGGCCTCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTCCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTCCGTTCGCTGATTATTATGggcgg < 1:2468076/289‑1 (MQ=255) cACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcggc < 2:1227122/289‑1 (MQ=255) gcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGCTTATTATGGGCGGCTgg < 1:2142405/289‑1 (MQ=255) gtgtaGGCGAGAAAATGGCACAGAAAGAACTCGGTCGTGACTCTAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGGGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGc < 2:1749964/285‑1 (MQ=255) ataGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCTAGCAGTTGAGCAGCTATGAAAATTGCTTGCTGCCAGTTCCTATTTTCGGGGCGGTAATTTGGGGTTACTTGCTTGTTGCTGCTCTTACCCCCCGCCCCCCACTACGTTCGCTGATTTTTTTGGGCggccggcccg > 2:1674005/1‑287 (MQ=255) taGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGAt < 1:2929632/289‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 2:313757/288‑1 (MQ=255) tCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGc < 1:1674005/288‑1 (MQ=255) cGTGACTATAGGCTGGTGCTGAAGAACTGCCGCTTTGGGGCGGGGGCGCGGGCGCTGGGATTCGTTAGGCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 2:54300/288‑1 (MQ=255) cGTGACTATAGGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 1:1629710/288‑1 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGGGCTGGCGCTGGGATTCGTTATTCTGCCGTTGCTGGCGTGGCTGGCCCCGGCGCCGCTGATTCTCCTTATGGGCGAGCGGTTTAGCAGCTTTGAATATGGCTTGCTGGACGTGCCTATTTTCTGGGCGTTGATTGCGGGTAAATGTCGGTTAGCCCGTTCGGACACGCGCCGCTCCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGGTGGCCGATTATGATTTGTCTATTGGTCGCGGCTGCGGCAAAGGTTATctcagcgc > 2:1385757/1‑281 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCAGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTAACGGCGAGGAGTTGAGCAGCCTTGCATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTTGCGCGTCTGGCCTCGCGCCGCACCGTACGCTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGGGTATGATTGGTCTAtt > 1:3158674/1‑256 (MQ=255) 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gaagaaCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCCCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCGTCGGCAACGGTTATctcctcgcacgcg > 1:3206519/1‑277 (MQ=255) cGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATTGCGTGCTGCCAGTGCCCATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGGTTATTAAGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTa > 1:2510119/1‑289 (MQ=255) gCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGAt < 1:726735/289‑1 (MQ=255) tgCGGGGGCGCTGTCGCTGGGATTCGTGAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGc < 2:2035171/287‑1 (MQ=255) gggCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTTGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGGTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTTCCGGGtt > 1:584047/1‑289 (MQ=255) gggCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCCCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAATGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCC‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCggggt > 1:1553860/1‑287 (MQ=255) 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aTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 1:3291534/288‑1 (MQ=255) aTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 1:2025998/288‑1 (MQ=255) tCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCgg > 2:3179259/1‑289 (MQ=255) 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cccagtcgccGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGc < 1:1371797/263‑1 (MQ=255) acagtcgacGATCATTATCAATACCAGCGGGCAGTTGAGGAGCTATGAATGTGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTGCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGa < 2:235851/281‑1 (MQ=255) cagtcgccGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGAt < 1:1385757/283‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |