| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 747,743 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 747,743 | 0 | A | T | 99.7% | 911.9 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (199/182); total (199/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,744 | 0 | G | C | 99.5% | 907.2 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (198/182); minor base T (1/1); total (199/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,745 | 0 | C | G | 99.7% | 916.0 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (199/183); minor base A (0/1); total (199/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
CGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGAGCCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACATAGACGGTTTGCGGCACAGTCGCGACGCTGACCGCTTGTGGAACGCTGACACTATCAGGAACCACAACCACT > CP042583/747469‑748023 ||| gctgctGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCt > 2:1933259/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |