Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 464,552 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 464,552 | 0 | A | T | 100.0% | 623.7 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 464,553 | 0 | C | G | 99.6% | 612.1 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (144/112); minor base T (1/0); total (145/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 464,554 | 0 | T | A | 100.0% | 623.3 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (145/112); total (145/112) |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATACTATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAACTGTTTTATTGCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTACTACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCACTTTTGCTACTTAAAAATAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAA > CP042583/464284‑464833 ||| cGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAACTGTTTTATTGCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTTGAACTATTCGTACTACAttt > 1:2441625/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |