| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 759,760 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 759,760 | 0 | A | T | 99.4% | 839.8 / NA | 357 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 759,761 | 0 | G | C | 100.0% | 850.0 / NA | 357 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (184/173); total (184/173) | |||||||||||
| * | CP042583 | 759,762 | 0 | C | G | 99.2% | 841.0 / NA | 357 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (183/170); minor base T (1/2); total (184/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
TTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGAAGCATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCAGCGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTAGCCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACC > CP042583/759480‑760040 ||| aTGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGCCTAAAGGGGGGGTTATTGCCGGTTCGATGCTGgt > 1:397465/1‑289 (MQ=255) aTGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATc > 2:1185914/1‑288 (MQ=255) aaTATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAACCGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGAGGCTGGTGTTTATtccc > 2:3293699/1‑285 (MQ=255) ttAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCGGGTGTTTATCCCGGCTGTgg > 1:2909610/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |