| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 759,889 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 759,889 | 0 | A | T | 99.2% | 846.7 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (170/185); minor base C (3/0); total (173/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 759,890 | 0 | G | C | 99.7% | 843.4 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (172/185); total (173/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 759,891 | 0 | C | G | 99.4% | 845.2 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (171/185); total (173/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
TACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGAAGCATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCAGCGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTAGCCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGG > CP042583/759610‑760170 ||| tACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAg < 1:1381647/289‑1 (MQ=255)tACGGGCCGTTTATGGTACTGCCGTTTTTGACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAg < 2:2211473/289‑1 (MQ=255) aCGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGc > 1:574502/1‑289 (MQ=255) cGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGTCTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCg > 1:648423/1‑289 (MQ=255) 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tGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTtgct > 1:1269559/1‑286 (MQ=255) cgTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCTCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTGTCAATAACCGCCACTGGCCGGCTGCCTGGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGTGTATTGTGTCgga > 2:1700650/1‑287 (MQ=255) aTTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCCTGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGGCTGGCCGGTGGCCTCCGCGGTAGCGATCACCCGGTTGCTGCTGCCAATTGGCCCTACAAtgt > 2:2252716/1‑289 (MQ=255) attattcgcTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATACTGTGGTTCCACaa > 2:3163198/9‑289 (MQ=255) gtggAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTCCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCaa < 1:2502943/288‑1 (MQ=255) cagcGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCg < 2:1264773/288‑1 (MQ=255) cgcTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAac < 1:22741/270‑1 (MQ=255) tcGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGATGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACgg < 1:1944422/289‑1 (MQ=255) cGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGa > 1:1565964/1‑289 (MQ=255) cGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTGTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGGGGCGACAATGTGGTTCCACAAACACCAACCAACAAGCGAGGGAGAACACGGa > 2:1633517/1‑289 (MQ=255) gCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGaa < 1:3271307/289‑1 (MQ=255) ccGCTTAAAACGTTCTTTTCTGTGATCGTTCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGTCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAAtt < 1:2619647/288‑1 (MQ=255) 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ggATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTgctgct > 2:1313835/1‑285 (MQ=255) ggATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTgg > 2:3262655/1‑287 (MQ=255) ggATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTgg > 1:2669466/1‑287 (MQ=255) ttGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGGGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTgctgct < 2:227080/279‑1 (MQ=255) cggatcgaTGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCtt > 1:2195903/8‑287 (MQ=255) gaTGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTAc > 2:2106281/2‑288 (MQ=255) 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TACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGAAGCATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCAGCGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTAGCCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGG > CP042583/759610‑760170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |