| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 760,002 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 760,002 | 0 | A | T | 100.0% | 792.7 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 760,003 | 0 | G | C | 99.7% | 777.6 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (152/176); total (152/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 760,004 | 0 | C | G | 100.0% | 788.0 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (152/177); total (152/177) | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
GATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGAAGCATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCAGCGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTAGCCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTT > CP042583/759723‑760282 ||| gATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGc > 1:909516/1‑289 (MQ=255) gTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAATCCGGATGAATAAGTTACCGGTAGGTCGTTCGCTCTGGCGGAt > 2:1804755/1‑289 (MQ=255) aGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTtgctgc < 2:1369688/289‑1 (MQ=255) gggtggATTATTCCCGGATCGATGCTTGTGTTTATCCCGGCGGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGACCTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTtgctgc < 2:1254407/284‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |