| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 760,272 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 760,272 | 0 | A | T | 99.7% | 738.3 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 760,273 | 0 | G | C | 100.0% | 743.7 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (148/160); total (148/160) | |||||||||||
| * | CP042583 | 760,274 | 0 | T | A | 99.0% | 734.3 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (145/160); minor base C (3/0); total (148/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GGTAGTTCGTAGCCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGC‑GGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGAGCCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTAGTAGATTGCGGGAACTGGATCGCAGCATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGAT > CP042583/759992‑760552 ||| tAGTTCTTTGGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCGGTTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGC‑GGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCtt < 2:2541387/289‑1 (MQ=255) aGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGTGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGC‑GGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCtt < 1:2398340/288‑1 (MQ=255) aGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGC‑GGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCtt < 1:950989/288‑1 (MQ=255) gtttgttcgcccTTGCGGAGTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGC‑GGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTg < 2:1805104/280‑1 (MQ=255) 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cgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTCAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGC‑GGTTGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGGTTTCGCTTTATGATCACCGCCCCGCTGGTACTGCCAGATGGCGTCATGGGCTTCGCCCTGTTGCTATTATTCGTCGCGCTTGCt > 2:887057/3‑287 (MQ=255) cgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGC‑GGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCtt < 2:2615066/203‑1 (MQ=255) cgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGC‑GGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCtt > 1:2615066/3‑205 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |