| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 779,418 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 779,418 | 0 | A | T | 99.7% | 833.0 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 779,419 | 0 | G | C | 99.7% | 828.5 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (186/160); minor base T (1/0); total (187/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 779,420 | 0 | C | G | 99.4% | 823.4 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (187/157); minor base T (0/2); total (187/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
GCACGCAAAAGATTTAATCCTTTAGGCGTAATAAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGAGCTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTAAGCCCAGAAAGTGATCTCTACCATTTTGAGCGCGACGATTTCTGGTTCCCGCCGGGAGATATCAACGGGCGAGAACATCATCTGCATATTATTTTGACCTTCCGCGAAAGCCTGCCAGGCCGACATCGGGTTCGCCGTTATCGGCCGCTGGAAGCGTGCTGGACGCCATGCACCGATGGCTATCACCGT > CP042583/779141‑779693 ||| cACGCAAAAGATTTAATCCTTTAGGCGTAATAAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTgg > 1:1232321/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |