| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 468,412 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 468,412 | 0 | G | C | 99.4% | 748.1 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (151/166); total (152/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 468,413 | 0 | C | G | 99.7% | 752.1 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (151/167); total (152/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 468,414 | 0 | T | A | 99.1% | 751.4 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (150/167); minor base C (2/1); total (152/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
CGGTACTCATTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGGCTCTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGAC‑ATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATACTGCGCGTGAGATCGTTCAGTGCGAGTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGCGCATGCAGCCACCAGTAGAGGGCATTGCTTCCCAGT > CP042583/468132‑468682 ||| cGGTACTCATTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGTCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCTCCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCCTTTCCCgggactttg > 2:2835631/1‑281 (MQ=255) ggTACTCATTGGCCCGGAACACAAGCCGATGGAAGAATCGAACCTGAACGTCAATCGGCGACCGACCTCCTCATGCGAAGGGCGGAAATTGTAGCGTTGTTTATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCCGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCTGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCg < 2:1761434/289‑1 (MQ=255) aTTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCCGTGCCGGATCTGCCGGAATCCCCTTATGCGCCTGGTCCAGCATTTCCCGCGCCTGTGccaatacc > 2:2321024/1‑281 (MQ=255) tacgcCCGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGTACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGAGGAAATTGAAGGGTGGTTGATTTTGTACTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTGTCAATGTCATCACTCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCGGGCGTGTCATCCAGACGCTGGGTCACGTAGGCCGGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGTAAGGCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGGTATCACCg < 2:1455098/287‑1 (MQ=255) tGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCAcc > 1:775526/1‑288 (MQ=255) tGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCg < 2:2765433/289‑1 (MQ=255) tGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCg < 1:3002155/289‑1 (MQ=255) 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aTCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCaa < 2:1047178/245‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGTTTTTCAATGTCATCAATCCCGCGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGAC‑ATTATGACGTTGGCGATAAATTGt < 2:1103475/289‑1 (MQ=255) aGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCGACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGAC‑ATTATGACGTTGGCGATAAATTGTc > 1:1103475/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |