| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 787,625 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 787,625 | 0 | A | T | 100.0% | 916.1 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (188/193); total (188/193) | |||||||||||
| * | CP042583 | 787,626 | 0 | G | C | 99.5% | 896.8 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (187/191); minor base A (1/1); total (188/193) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 787,627 | 0 | C | G | 99.7% | 906.6 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (187/193); total (188/193) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
CATTGATGTTATCGACGAAGCGGGCGCTCGCGCACGCCTGATGCCGGTAAGCAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTAGCTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTAGCAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGA > CP042583/787351‑787902 ||| tATCGACGAAGCGGGCGCTCGCGCACGCCTGATGCCGGTAAGCAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTAcc > 1:638174/1‑289 (MQ=255) 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gTAAGCAAACGCAAGAAAACCAGTAATGTGGGGGATATTGCGTCGGTGTTGGCCCGTTTTGCACGCATTCCAGAGAAGATTGTTTCTCAGAGTTATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATTCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCtttcga < 2:1066284/289‑5 (MQ=255) taggCAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGGTATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGGGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCtttcga < 2:1890576/285‑5 (MQ=255) taacaaaaCTCAAGAAACCCGTTAATGGGGCGGATTTTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCtttcga < 2:74682/283‑5 (MQ=255) tAAGCAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGa > 1:538172/1‑273 (MQ=255) tAAGCAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCtttcgaa > 1:218801/1‑284 (MQ=255) cAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCt > 1:1570110/1‑289 (MQ=255) 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ggCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑ggg > 2:2506683/1‑226 (MQ=255) ggATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGGGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGat < 1:3023587/289‑1 (MQ=255) ggATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGat < 1:176955/289‑1 (MQ=255) ggATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGa < 2:680127/288‑1 (MQ=255) ttGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTc < 1:2026601/289‑1 (MQ=255) aGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACC‑TCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACC‑GGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATAGGTCCGa > 1:2924582/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |