| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 439,495 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 439,495 | 0 | A | T | 99.7% | 775.0 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,496 | 0 | G | C | 99.7% | 770.9 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (160/160); minor base A (0/1); total (160/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,497 | 0 | T | A | 99.1% | 763.9 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base A (157/161); total (160/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
TTGCTGATCTGCCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTAGTGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTAAGCCGTGTTAGTTGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGG > CP042583/439213‑439765 ||| ggAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTCAtcg > 2:1048014/1‑288 (MQ=255) aaTCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCt > 2:1921815/1‑289 (MQ=255) aTCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTa < 1:2347009/289‑1 (MQ=255) cAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACg < 2:2498535/289‑1 (MQ=255) 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ggTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGAAAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTTCGATCACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTCTATTCACTTTATGGAACCGTGATCGCGTGTCTCTTGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCATTAGCGCGCTAAGCCTTATTACAGAAACGTACAACAACAGAAAAAACACGACAGCCAAAAAcc > 2:2279862/1‑289 (MQ=255) tAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTATCGCGTGTTTCATGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCa < 1:1291543/288‑1 (MQ=255) tAATTGGAGTCATGATGGCGCCTTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATATATATTAAGATAACGATTTTAACCTCAGTGCGTTTTCAGTAGCTCTGGTGGCAGTTATTTTATCTCTTTGCGGTAAGTTTATTCACTTTTTGGAACCGTTATCGAGTGTTTCATGGGTTGTTTGCGTCATTGTCGCCTTTGCGGGTTGAGGTTTATTAAGGTAATGTACCAACGCAGAAATAACAGGAGACGTAAAAACCAt > 2:689706/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |