| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 797,267 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 797,267 | 0 | A | T | 99.7% | 848.8 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (171/184); total (171/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 797,268 | 0 | G | C | 99.4% | 841.5 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (171/182); minor base A (0/2); total (171/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 797,269 | 0 | T | A | 99.7% | 853.5 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (170/184); total (171/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
CCTATTTAGCGGCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGAGTCAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCGTATTATGCACCTGCAGCTGAACAACCTGCGCAACAGCCGTATTATGCCCCTGCGCCAGAACAACCGGTGGCAGGTAACGCCTGGCAAGCCGAAGAGCAGCAATCCACTTTTGCTCCACAGTCTACATACCAGACTGAGCAAACTTATCAGCAGCCAGCCGCTCAGGAGCCGTTGTACCAACAGCCGCAACCCGTTGAACAGCAGCCTGTTGTG > CP042583/796993‑797548 ||| ttcgggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCa < 1:2526195/285‑1 (MQ=255) ttcgggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCa < 1:895841/285‑1 (MQ=255) gggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTg < 1:2446306/288‑1 (MQ=255) caaacagacAAAGCAGCAAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCa < 2:2464333/280‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |