Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 801,680 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 801,680 | 0 | A | T | 98.8% | 782.4 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/189); minor base G (0/4); total (139/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 801,681 | 0 | G | C | 99.1% | 773.9 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (136/190); total (139/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 801,682 | 0 | C | G | 99.4% | 789.8 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (137/193); total (139/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
GCAAGTACTAACTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGAGCGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCGATCCGTTATATGTCGCGCGTCGCTGTCTGGCGATTGCGTCTGAAGACGTCGGTAATGCCGATCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCGGAAGGTGAACGCGCCATTGCTCAGGCGATTGTTTACCTGGCCTGCGCGCCAAAAAGCAACGCTGTCTACACTGCGTTTAAAGCCGC > CP042583/801400‑801954 ||| gCAAGTACTAACTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGt > 1:3175130/1‑289 (MQ=255) gTACTAACTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTa > 2:2384382/1‑289 (MQ=255) aaCTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAgcgc > 1:3307045/1‑288 (MQ=255) ggCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGGGCACCCGAt > 1:1724880/1‑289 (MQ=255) ggCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGAt > 1:1137148/1‑289 (MQ=255) ggCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGAt > 1:1180058/1‑289 (MQ=255) ggCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGAt > 1:353371/1‑289 (MQ=255) ggCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGAt > 2:3201226/1‑289 (MQ=255) cGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATg < 1:265619/288‑1 (MQ=255) cGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATg < 1:3213429/288‑1 (MQ=255) cGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATg < 1:532266/288‑1 (MQ=255) agATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATg < 1:1067070/287‑1 (MQ=255) tggagaaCAAAAGCCGTGGCTAGGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGGTGAAACACGACCCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcgg < 2:2039379/282‑1 (MQ=255) tGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcgg < 1:1972904/288‑1 (MQ=255) ggAAGACAAAGCCCGTGGCTATGGTGGTTAAGATATTGTTCTGCCAGATGCAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGTGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGACGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 1:971273/289‑1 (MQ=255) ggAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 2:2448553/289‑1 (MQ=255) ggAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 1:2420534/289‑1 (MQ=255) ggAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 1:2384382/289‑1 (MQ=255) gAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 2:3046370/288‑1 (MQ=255) gAAGACAAAACCCGGGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 1:2363923/288‑1 (MQ=255) aaGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGGATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg < 2:2058221/287‑1 (MQ=255) aaCCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATg > 1:154151/1‑275 (MQ=255) ccGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTAt > 1:2329275/1‑289 (MQ=255) tGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCTGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATg < 2:2523104/269‑1 (MQ=255) ggCTATTGGGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACGCGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATgcg < 2:1724880/288‑1 (MQ=255) cTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTTAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGcgcg < 1:2116562/288‑1 (MQ=255) tggtggTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg > 1:1451165/1‑268 (MQ=255) tCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcggcg > 1:1291773/1‑262 (MQ=255) atTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGCCCTAAATCGCCCGTGAACGTAGCCCCCGCTTTGACAACAAAGGCTATCGCTGTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAATCGGCAAGTGGTCGCGCCCCCGATGCGGCGCTGTGTTGGTATGCGCGGCTTACTTCCGCtggtg > 2:2368430/1‑289 (MQ=255) tccgCCAGATGAAGCACGACGGGCCATTGCTGAACGGGTGCATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATAGGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCGAt < 2:1495609/286‑1 (MQ=255) tCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCGa > 2:1037764/1‑288 (MQ=255) 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CP042583/801400‑801954 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |