| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 807,170 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 807,170 | 0 | A | T | 99.8% | 1005.6 / NA | 418 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (209/208); total (209/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 807,171 | 0 | G | C | 99.5% | 998.2 / NA | 418 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (208/208); total (209/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 807,172 | 0 | T | A | 99.8% | 1004.3 / NA | 418 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (208/209); minor base C (1/0); total (209/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 418 total aligned reads displayed.
ACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTAGTCCAATGCGCGCTTTTAACAGCCTCAACCGGGTAGGGGCTAGTGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTAGCATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTG > CP042583/806890‑807445 ||| gCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGCTGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTAGGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTACCTCAACCGGGTCGGGGCTTCAGCACTCAggtacg > 2:2726986/1‑284 (MQ=255) cTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACg < 1:833998/288‑1 (MQ=255) aTCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGaaa > 2:3203405/1‑289 (MQ=255) aCCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGGCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTGACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCTGGTAGGGGCTTCAGCCCTCAGTAACGAAATCGCCAggg > 2:1531776/1‑287 (MQ=255) 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gAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCG‑GTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAggc > 2:1015494/1‑289 (MQ=255) aaGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAgg < 1:349595/288‑1 (MQ=255) aGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGcc < 2:1093095/282‑1 (MQ=255) 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aTGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgtcaccg > 2:415112/1‑277 (MQ=255) aTGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCAtt > 1:723821/1‑288 (MQ=255) aTGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCAtt > 1:1829689/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |