| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 807,521 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 807,521 | 0 | A | T | 100.0% | 779.7 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (162/162); total (162/162) | |||||||||||
| * | CP042583 | 807,522 | 0 | G | C | 100.0% | 778.2 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (162/162); total (162/162) | |||||||||||
| * | CP042583 | 807,523 | 0 | T | A | 99.7% | 775.1 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (161/161); minor base G (0/1); total (162/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
ATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGAGTGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTAAGTTTCATTCTGCTTCTGGCAGGGGAATTAATCGGTCGCGGCGTATTCTATGGTTTGCATATGACCGTGGGGATGGCCGTCGCAAGCTAATCATAACAACCG > CP042583/807242‑807802 ||| aggcgaaaaaaGCTGTCACCGGCATGGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGc < 2:2573077/283‑1 (MQ=255) tGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCa < 2:56572/289‑1 (MQ=255) tGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCa < 1:1753143/289‑1 (MQ=255) cGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACt > 1:1652125/1‑282 (MQ=255) 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tAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGAGGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTGTGGGGGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGc < 1:1263529/289‑1 (MQ=255) gACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCg < 1:400755/287‑1 (MQ=255) tttgtttgGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTg < 2:3057464/289‑1 (MQ=255) ggATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCa > 2:2390434/1‑221 (MQ=255) gatgatGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAg < 2:448298/240‑1 (MQ=255) gatgatGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAg > 1:448298/1‑240 (MQ=255) ggTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGc < 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |