| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 809,779 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 809,779 | 0 | A | T | 99.4% | 733.9 / ‑6.1 | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (160/144); minor base G (2/0); total (162/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 809,780 | 0 | G | C | 99.7% | 740.1 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (161/144); minor base T (1/0); total (162/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 809,781 | 0 | T | A | 99.7% | 732.3 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/144); minor base G (1/0); total (162/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
CAGTGCGGGTATCCTTGGACAATGGCCGATTGGACGTCTGGCGGATAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCGGTGGCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTGAGCTATAC‑TGTGGGAAGTCTGCTTGGCCCGAGTTTTACCGCTATGCTAATGCAGAATTTCTCCGATAATTTATTGTTTATCATGATCGCCAGCGTAAGCTTTATCTATTTGCTGATGCTGCTGCGCAACGCCGGTCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACT > CP042583/809499‑810056 ||| aGTGCGGGTATCCTTGGACAATGGCCGATTGGACGTCTGGCGGATAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCGGTGGCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTGAGCTATAC‑TGTGGGAAGTCTGCTTGGCCCGTCATTTAcc > 1:3016641/1‑288 (MQ=255) gTGCGGTTATCCTTGGACAGTGGCCGTTTGGACGTCTGGCGGATAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCGGTGGCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTGAGCTATAC‑TGTGGGAAGTCTGCTTGGCCCGTCATTTACCg < 2:8915/288‑1 (MQ=255) tGCGGGTATCCTTGGACAATGGCCGATTGGACGTCTGGCGGATAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCGGTGGCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTTAGCTATAC‑TGTGGGAAGGCTGCTTGGCCCGTCATTTACCGCt > 1:1062537/1‑289 (MQ=255) tGCGGGTATCCTTGGACAATGGCCGATTGGACGTCTGGCGGATAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCGGTGGCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTGAGCTATAC‑TGTGGGAAGTCTGCTTGGCCCGTCATTTACCGc < 2:2563685/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |