Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 810,882 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 810,882 | 0 | A | T | 99.7% | 870.4 / NA | 363 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (168/193); minor base C (1/0); total (170/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 810,883 | 0 | G | C | 99.2% | 847.5 / NA | 363 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (168/190); total (170/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 810,884 | 0 | C | G | 99.7% | 860.4 / NA | 363 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (169/193); total (170/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
GGGATTGCTATGTTTGTTATGAGTCTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTAGTATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCAGCCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATAGCCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCAGCATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCT > CP042583/810603‑811162 ||| gggATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGa > 1:2554701/1‑289 (MQ=255) gATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTACTTCCTCATATCGACTTTACCGACATTACCACTATTTCAATGCTGGTATTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAAGCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATGTCCAAACGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGTGCTCGCT‑GGCGa < 2:2358460/287‑1 (MQ=255) tttgttATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGTAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGt > 1:3267107/1‑289 (MQ=255) tttgttATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGGGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGgatgattg > 1:69589/1‑287 (MQ=255) tatgtcactcCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGAt > 1:1481511/8‑289 (MQ=255) ctcCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGAttcgcgta < 2:2782416/289‑8 (MQ=255) cTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGTGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAata < 1:1772310/289‑1 (MQ=255) ggCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGTCCGCT‑GGCGATGGGGCTGAGGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGAt > 2:1110480/1‑289 (MQ=255) cGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATg > 1:1229496/1‑288 (MQ=255) cGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGa > 1:2032762/1‑289 (MQ=255) tGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACtt > 1:1368884/1‑289 (MQ=255) gCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGAttcgcgta < 1:1956584/271‑8 (MQ=255) ggTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAAt < 2:755738/288‑1 (MQ=255) gcCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCTGCTGACTTAATGACCAACgt > 2:3140769/1‑287 (MQ=255) gcCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGt < 1:1616346/289‑1 (MQ=255) ccTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATAACGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGTTTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAACAGGTATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGC‑GCGTGGGCGATGGGGATGACGTTTGATTCGCGTAATATCCCTGGTGACTTAATGCCCacacgtg > 2:2954621/1‑283 (MQ=255) cTGTAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTc < 2:3267107/288‑1 (MQ=255) aTTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTTCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGAttc > 2:1622076/1‑246 (MQ=255) tGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGGTGGGGATGATGTTTGATTTGCGTAATATCCCGGATGGCTTAATGACCAACGGTCAGGATTACGCTTTTCAGAAGCTg > 2:520799/1‑289 (MQ=255) gCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg < 2:569636/289‑1 (MQ=255) gCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg < 1:2044505/289‑1 (MQ=255) cGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTggg > 1:515169/1‑289 (MQ=255) gACCACAAACCTTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGc < 2:1981729/289‑1 (MQ=255) gACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGc < 1:1553437/289‑1 (MQ=255) gACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGc < 1:1494356/289‑1 (MQ=255) gACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGc < 2:274053/289‑1 (MQ=255) cccACAAACATTACCTGGGCAACGTTCGTTCCTCATGTCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAGTCCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAAAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGTATGACTTAATGACCAACGGTCAGTAGTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCg < 2:1481511/288‑1 (MQ=255) ccACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGa < 1:237188/289‑1 (MQ=255) caAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCa < 1:358321/252‑1 (MQ=255) caAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGCTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCa > 2:358321/1‑252 (MQ=255) ccTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCT‑GGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGGTGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACAt > 2:190821/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |