Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 810,909 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 810,909 | 0 | A | T | 100.0% | 856.9 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (166/188); total (166/188) | |||||||||||
* | CP042583 | 810,910 | 0 | G | C | 99.4% | 836.1 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (163/188); total (166/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 810,911 | 0 | C | G | 99.7% | 842.6 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (166/187); minor base T (0/1); total (166/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
CTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTAGTATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCAGCCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATAGCCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCAGCATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCT > CP042583/810630‑811186 ||| cTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGTGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAata < 1:1772310/289‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCTTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGAGGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCg > 1:3237349/1‑289 (MQ=255) ggCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGAt > 1:1487356/1‑289 (MQ=255) cGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATg > 1:1229496/1‑288 (MQ=255) cGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGa > 1:2032762/1‑289 (MQ=255) cGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGGGCTGGTTGCGGTTGGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCAggtgg > 2:2486549/1‑285 (MQ=255) aCCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCa < 1:1551302/289‑1 (MQ=255) cgcCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATg > 2:933326/1‑273 (MQ=255) cgcCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATg < 1:933326/273‑1 (MQ=255) gcCTGCAATTACTGAATGGCATATTGCGACAACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACGTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGt < 2:1429097/289‑1 (MQ=255) gcCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGt < 2:575002/289‑1 (MQ=255) cTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGc < 2:2605874/289‑1 (MQ=255) tGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCACATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCTGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGt < 1:206397/277‑1 (MQ=255) gTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCttt > 2:2821179/1‑288 (MQ=255) tGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGGTGGGGATGATGTTTGATTTGCGTAATATCCCGGATGGCTTAATGACCAACGGTCAGGATTACGCTTTTCAGAAGCTg > 2:520799/1‑289 (MQ=255) gCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTgg < 1:2044505/289‑1 (MQ=255) 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aaCGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTaa < 1:3155387/288‑1 (MQ=255) ttCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAAt > 2:855232/1‑289 (MQ=255) tatCGAGTGTACCGAAATTACCACTATTTCAATGCTGGGTTTAGCGGTGGGCGGAGCAGAGAAGATATCTCCTGACGTTAATCAAACGCGCAAGCAAGGAAAAGAATTTGCAAAAGGGATGTTATGCCGGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAAGAGCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGACTTTCAGAAGCTGGGCGAGTAGTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGAt < 1:421935/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |