Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 812,784 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 812,784 | 0 | A | T | 100.0% | 957.8 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 812,785 | 0 | G | C | 99.2% | 944.6 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (184/207); minor base A (2/1); total (186/208) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 812,786 | 0 | T | A | 100.0% | 951.8 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (186/208); total (186/208) |
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
ATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATAGTTTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATAGTGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAAAGTTTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGT > CP042583/812510‑813062 ||| aTGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACAt < 1:1698620/289‑1 (MQ=255) 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tttatttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCa < 2:3067255/272‑1 (MQ=255) tttatttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGatatat > 1:202998/1‑289 (MQ=255) atttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGa < 2:156879/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |