Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 829,650 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 829,650 | 0 | A | T | 99.8% | 1014.4 / NA | 426 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (188/236); total (189/237) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 829,651 | 0 | G | C | 99.3% | 997.5 / NA | 426 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (185/235); total (189/237) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 829,652 | 0 | C | G | 99.8% | 1004.3 / NA | 426 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (187/237); total (189/237) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
AACAACGGTCAATTTTAGTGCGCAAGGCTGGCGGATTAGCAGCCTCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAAAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTAAGCCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTAAGTGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTAGTTTCTTTGACAAACAGAGTACGGGTACGCTGTTGAGTCGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCT > CP042583/829370‑829928 ||| acGCTCAATTTTTCAGCGCAAGGCTGGCGGATTAGCAGCCTCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGc < 2:2363392/289‑1 (MQ=255) atttttcagcgcAAGGCTGGCGGATTAGCAGCCTCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCActtct < 1:3244652/281‑1 (MQ=255) tttttcagcgcAAGGCTGGCGGATTAGCAGCCTCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCtt < 1:2885866/270‑1 (MQ=255) ttcagcgcAAGGCTGGCGGATTAGCAGCCTCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTtgat < 2:473157/285‑1 (MQ=255) tGGCGGATTAGCAGCCTCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGATTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTa < 2:2531127/289‑1 (MQ=255) ttAGCAGCCTCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGa > 1:1579891/1‑289 (MQ=255) ccTCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGAt < 1:1679560/283‑1 (MQ=255) cTCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCt < 1:2804307/286‑1 (MQ=255) tCAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGc > 1:249256/1‑266 (MQ=255) cAGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCt < 2:2723096/284‑1 (MQ=255) aGGGAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTACACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGAGTGCTTTGGTAAAACAGAACGCCCCGTg > 2:1675644/1‑288 (MQ=255) gAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGc > 2:12675/1‑261 (MQ=255) gAGCAAATTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGc < 1:12675/261‑1 (MQ=255) aTTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAATCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGa > 2:2668130/1‑269 (MQ=255) aTTTTACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑Ga < 1:1228789/289‑1 (MQ=255) ttttACCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GAt < 2:1308444/289‑1 (MQ=255) tgtgaCCTCGTTGTGATCATGA‑TGGTGTTGTCGTGCCGATGGATAACGGGTGGAATATGCGGCTATTGCAGTCAATGCTGGTGTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTGTACGTGGCTGACATTCCGCCGACTGTGGCCAATCATTGCGCCTGTCAAAGGGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCCCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAGACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GAt < 2:2219660/285‑1 (MQ=255) aCCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGTGTAGAATATGCGGCTATTGCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGAGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATTGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCg < 1:2372205/289‑1 (MQ=255) aCCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTtgatg > 1:3157788/1‑245 (MQ=255) aCCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTg < 1:2244785/274‑1 (MQ=255) aCCTCGTTGGTATCATCAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCg < 1:2343561/289‑1 (MQ=255) atcatcAGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGTGGTGAt < 1:1520381/289‑1 (MQ=255) tcaGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGTGGTGATCggg < 1:2629450/289‑1 (MQ=255) tcaGTGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGAGGGCTTTGGTAAAACAGATCCCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGGTGTGATCgg > 2:1556747/1‑288 (MQ=255) tGGT‑TTGGCGTGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGc > 2:624452/1‑214 (MQ=255) 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tGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTAc < 2:2334764/288‑1 (MQ=255) tGCCAGTGGATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCCCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTTTG‑GATGCCGCTGGTGGTTATCGGGCTGAGGTTTTTACg > 2:1419350/1‑289 (MQ=255) ggATAACGGGTAGAATATGCGGCTATTTCAACAAATGCTGGTTTTTTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTAt < 2:1908695/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |