Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 829,791 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 829,791 | 0 | A | T | 99.5% | 1031.0 / NA | 431 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 829,792 | 0 | G | C | 99.5% | 1025.1 / NA | 431 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (203/224); total (205/226) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 829,793 | 0 | T | A | 100.0% | 1044.3 / NA | 431 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (205/226); total (205/226) |
Only 100 of 431 total aligned reads displayed.
TTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTAAGCCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTAAGTGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTAGTTTCTTTGACAAACAGAGTACGGGTACGCTGTTGAGTCGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGAGCATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGAGCATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTAGCATTGCGATTCGCGTTGTA > CP042583/829511‑830069 ||| ttGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAg < 1:1038536/289‑1 (MQ=255) ttGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAg < 2:2939893/289‑1 (MQ=255) tGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTG‑GATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAgg > 1:2945629/1‑289 (MQ=255) ttcATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGTCTGTGGCCAACCATTGCGCCTGTCAAAGCGGGTCTGATCATTGCGGGCGTAACGTTAAGCCTTAACGCATCCAGGCGTACCTTTATGTTATTGCTCCCTAAGCCACTTCTCGTTTGTGGCCTGGGTAAATTAGATCGCCCCTTCCTGG‑GTGTGATGCAGCCGGTGGTGAACGTGCTGAAGAGTTTGCGCGGTTTCTCAACCTGTGTCTCCCTCTACTGTGTCTCCTGGGTACCAGGAAAggtggt > 2:825619/3‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |