Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 830,781 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 830,781 | 0 | A | T | 99.7% | 941.5 / NA | 391 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 830,782 | 0 | G | C | 99.7% | 936.9 / NA | 391 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (180/210); minor base A (1/0); total (181/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 830,783 | 0 | C | G | 99.7% | 929.5 / NA | 391 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (180/209); minor base A (0/1); total (181/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 391 total aligned reads displayed.
AAGGTAAGCGCGTGATCGAGCGTGCGACTGGCGACGTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTAGCGGTAAAAGTACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGAGCTTACGTAACCAGGTTGCTCTGGTGAGCCAGAATGTCCATCTGTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACGGACTGAACAGTACAGCCGTGAGCAAATTGAAGAAGCGGCGCGTATGGCCTACGCCATGGACTTCATCAATAAGATGGATAACGGTCTCGATACAGTGATTGGTGAAAACGGCGTGCTGCTCTCTGGCGGTCAGCGTCAGCGTATTGCTATCGCTCGAGCCTTGTTGCGTGATAGCCCGATTCTGATTCTGGACGAAGCTACCAGCGCTCTGGATACCGAAT > CP042583/830503‑831057 ||| gcaaGCGCGTGCTCGAGCGTGCGACTGGCGACTTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACGTATCCTGGACGTGACGGACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTCTGGTGTCGCAGAATGTcc < 2:2376556/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |