Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 832,286 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 832,286 | 0 | A | T | 99.7% | 805.6 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 832,287 | 0 | G | C | 99.7% | 795.0 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (158/178); total (160/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 832,288 | 0 | C | G | 100.0% | 807.6 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (160/179); total (160/179) |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
TGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTAGTGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAATTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGAGCCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGAGCTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGTGGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATG > CP042583/832008‑832558 ||| tgtgtgGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCg < 1:2678841/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |