Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 833,892 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 833,893 | 0 | G | C | 100.0% | 875.1 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 833,894 | 0 | T | A | 99.2% | 869.4 / ‑3.4 | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/202); minor base G (2/1); total (162/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
GGAAAACTTTGGTATAACCAGGAAAAACAAGAGCTTATTTGCAAACTGGACAACCTCGCTTTCCCGCTGCGTGATGGCATTCCAGTGTTGCTGGAAACGGAAGCCCGCGTGCTGACTGCTGATGAGAGTAAAAGTTGATGTAAACTGCTGATGAGAGTAAATCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCTACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAAAGTGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGAGTGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAA > CP042583/833612‑834169 ||| ttgaaatcattgcctgcccggtttgcaacggaaaactttggtataaccaggaaaaacaagagcttatttgcaaactggacaacctcgctttcccgctgcgtgatggcattccagtgttgctggaaacggaagcccgcgtgctgactgctgatgagagtaaaTCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCTACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGcc < 1:3019948‑M2/128‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |