| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 836,121 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 836,121 | 0 | G | C | 99.3% | 670.8 / ‑2.5 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (140/139); minor base T (1/1); total (141/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 836,122 | 0 | C | G | 100.0% | 674.3 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (141/142); total (141/142) | |||||||||||
| * | CP042583 | 836,123 | 0 | T | A | 100.0% | 678.8 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (141/142); total (141/142) | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
AGCTTCTTCTTCGGTATCTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAGGCTTTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTACTTCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGGCTATTATTCCATGTCGGATAGGTGCTTTCGATGGGACGCAGCAGGCGGTCGGCTACCGGTTGCAAACTCAATAACAAGAGCGCCAGCCACCCAATGCTAATAAAAATCTTCCCGGTTTTTTGAAAACGGCTAAACCACAGCAGCGCCAGGCCAGCGCCAATAATCAACAACATCAGCGGAAGTGGCAGCAACATATTGCCAATCACTTTTTTCAGTGTAAAAAGCATCCTTTCTGGTTCCTTTTTTAACCATATAGCAAGGGATCGCCAGCGATATTAC > CP042583/835842‑836400 ||| aGCTTCTTCTTCGGTATCTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAGCGATTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTTGATCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGCGAattatt < 1:531226/288‑1 (MQ=255) tATCTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAGCGATTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTTGATCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGCGAATTATTCCATGTCGGATAgg < 1:1149557/288‑1 (MQ=255) cTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAGCGATTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTTGATCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGCGAattatt > 2:1573147/1‑271 (MQ=255) aaaTCCCGGGTTATAATTGGCTCCGCCGTCACGCCCAGGGATTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTAGATCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAAGTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGCGAATTATTCCATGTCGGATAGGTGCTTTCGATg < 2:408946/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |