| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 836,919 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 836,919 | 0 | A | T | 98.8% | 821.8 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (181/159); minor base G (1/3); total (182/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 836,920 | 0 | G | C | 99.7% | 819.7 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (182/161); total (182/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 836,921 | 0 | C | G | 100.0% | 825.0 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (182/162); total (182/162) | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
GTGGAGAAGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTAGCCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGAGTGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGAGCTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACGCTTAGCCCAGATTATCCACGCGACCCGGCGCAGGTTTATCTGTGGCTGGAAGAAGCTGGTTGGCAAATTATGGGTAAGACAGGCGTTCGCGTGTTTCATGATTATCTGCGCGAGAAACACCAGCAGCGCGACTGCTATGAAGCATTACTTGAATTAGAAACGCGTTATTGCCGTCAGGAA > CP042583/836641‑837200 ||| gTGGAGAAGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCCCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCTTATTGCAGACCCTCGGGTCCGTGTTGCGCTCATGGGGCGTGGTGGCGTTAATGtt > 2:1442044/1‑289 (MQ=255) ggAGAAGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCGGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTGTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTc < 2:2357490/288‑1 (MQ=255) aGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACaa < 2:3199878/288‑1 (MQ=255) cAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCGTCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATgcgc > 2:2691808/1‑289 (MQ=255) cAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATgcgc > 1:1953058/1‑289 (MQ=255) aGACCGCAAGCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCa < 2:2947625/289‑1 (MQ=255) aCCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACa > 1:3327314/1‑280 (MQ=255) aaTCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGCAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGCGTTGTCGGTAATGTTCTACAATGCGCATGGGttg > 2:1350396/1‑289 (MQ=255) aTCAAAATGGGCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTttgt < 2:1953058/289‑1 (MQ=255) tCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTttgtt < 1:1286637/289‑1 (MQ=255) 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tCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCa < 2:804600/288‑1 (MQ=255) cAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATgg < 2:1744322/253‑1 (MQ=255) cAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATg > 1:1688758/1‑288 (MQ=255) 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aaactgaaaTTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGGATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACGCTTTCGCCAGATTATCCACGCGACCCGgcgc < 2:1473437/282‑1 (MQ=255) aaTTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGt < 1:1887608/176‑1 (MQ=255) tttATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACGCTTTCGCCAGATTATCCACGCGACCCGGCGCAGGTTTa > 1:2932310/1‑287 (MQ=255) aCATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATg > 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |