| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 839,534 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 839,534 | 0 | A | T | 99.7% | 825.9 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 839,535 | 0 | G | C | 99.4% | 803.9 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (168/173); total (169/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 839,536 | 0 | C | G | 99.4% | 818.0 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (168/175); minor base T (1/1); total (169/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
ATAGCGGAGAGGAAGAATAATGATTGAACGCGGTAAATTTCGCAGTCTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTAGCCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATAGCATGCTCGACACCATTAACAGCCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGAGCGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCAACTCCATTACTGATTACCACAGCCTGATGTTCGATCT > CP042583/839254‑839814 ||| gCGGAGAGGAAGAATAATGATTGAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGa < 2:2999934/288‑1 (MQ=255) gATTGAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTTATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGccac < 1:788409/289‑1 (MQ=255) gAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAActcg > 1:741725/1‑276 (MQ=255) gAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAActcg < 2:741725/279‑4 (MQ=255) gAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAg > 2:1457767/1‑288 (MQ=255) cgcgGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGcgcg < 1:2383831/289‑1 (MQ=255) gcgGTAAATTTCGCTCCCTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGACCGTTTGCCCTTGACGGGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCgt < 2:171805/289‑1 (MQ=255) gcgGTAAATTTCGCTCACTGACGCTTATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCgt < 2:1581252/289‑1 (MQ=255) ggTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCgtgg > 1:1508921/1‑289 (MQ=255) aaTTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTGGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTggtggt < 2:1175868/289‑1 (MQ=255) 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aTTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCg < 1:3059781/235‑1 (MQ=255) tAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGGGTCTGGGATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGGGTGCGTCTGCAACCGGtt > 1:2983547/1‑289 (MQ=255) aCTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGAGTCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGGGTTCGTCTTGAACAGTTTg > 2:2961208/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |