| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 843,368 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 843,368 | 0 | A | T | 99.3% | 1030.0 / NA | 431 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 843,369 | 0 | G | C | 99.5% | 1025.8 / NA | 431 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (212/217); minor base A (0/2); total (212/219) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 843,370 | 0 | C | G | 100.0% | 1032.6 / NA | 431 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (212/219); total (212/219) | |||||||||||
Only 100 of 431 total aligned reads displayed.
TGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGATGTG‑‑CTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGAGCACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGAGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGT > CP042583/843090‑843648 ||| tgcgtCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGATGTG‑‑CTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGACCGGTGa > 1:308087/1‑289 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |