| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 845,146 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 845,146 | 0 | A | T | 99.8% | 940.5 / NA | 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 845,147 | 0 | G | C | 99.5% | 926.9 / NA | 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (200/191); total (200/193) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 845,148 | 0 | C | G | 99.8% | 939.5 / ‑4.9 | 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (199/193); minor base A (1/0); total (200/193) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
AACAGCAGAAACTAAGCCGATGGATAAGCAAACGACGTCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATAGCCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATAGCCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAACTCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCAGCAA > CP042583/844869‑845426 ||| gcagAAACTAAGCCGATGGATAAGCAAACGACGTCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATc > 2:2444398/1‑289 (MQ=255) aaCTAAGCCGATGGATAAGCAAACGACGTCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGaa < 1:2393628/288‑1 (MQ=255) aaGCCGATGGATAAGCAAACGACGTCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGACCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCa > 2:1134651/1‑289 (MQ=255) gCCGATGGATAAGCAAACGACGTCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGATGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCaa > 1:3255418/1‑288 (MQ=255) cGATGGCTAAGCAAACGACGTCTCGTAGTAAGCCGGCGCCTGCCGTTCGCGCCTCCTCCGTTAATGAACGGGTGGAGGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGTGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAAt < 2:3255418/287‑1 (MQ=255) aaCGACGTCTCTTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGGGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCGGGAttcg < 1:2903420/289‑4 (MQ=255) acgacgTTTCGGAGTAAACCGGCGCCTGCCGTTCGGCCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTACTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGAttcgc < 2:921199/289‑5 (MQ=255) tctcGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTACTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCa > 1:921199/1‑289 (MQ=255) ctcGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCAt > 1:1401110/1‑289 (MQ=255) cgcCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGa > 1:2821512/1‑289 (MQ=255) cgcgCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTACCATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCTATCGCAAAACg > 2:2177023/1‑288 (MQ=255) cgcgCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACg > 1:3153466/1‑288 (MQ=255) cTACGAGATTGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTGTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCgatgat < 2:1491110/288‑1 (MQ=255) tataagcaaCTCGTGGAAGCCGTTAAACCTTTTCAAGCATGGCAATGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCa < 1:1579606/282‑1 (MQ=255) aTAATGACCTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCa < 2:1291694/288‑1 (MQ=255) tGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTTTCGGTCGCCCCGAGCGCAAAACGCCGGTGAAGCGCaagta > 2:2540022/1‑284 (MQ=255) 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tttCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAAAAACGTAGTGGTAAAc > 1:255556/1‑285 (MQ=255) tGGAAAGGATTGGGGGCAGTTGGCGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGGGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAAc < 2:18172/288‑1 (MQ=255) ggCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCa < 2:744488/249‑1 (MQ=255) ggCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAAAAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTCGATTAGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATAGCAAAAAGCCGATGATGCGCAGTGCCCTTAAAAAAGTAGCGGTCAACCCGCCGTAGAACGt > 2:2144950/1‑289 (MQ=255) aGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCt < 1:663310/289‑1 (MQ=255) aTTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTc < 1:207253/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |