| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 861,151 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 861,151 | 0 | A | T | 99.6% | 661.5 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 861,152 | 0 | G | C | 100.0% | 663.3 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (131/145); total (131/145) | |||||||||||
| * | CP042583 | 861,153 | 0 | T | A | 100.0% | 665.3 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (131/145); total (131/145) | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCAGTGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTACCGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCAGTTCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTAGTGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGTGTTCTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAG > CP042583/860873‑861425 ||| tGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTACCGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtgc < 1:2319941/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |