| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 861,307 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 861,307 | 0 | A | T | 100.0% | 351.3 / NA | 146 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 861,308 | 0 | G | C | 99.3% | 346.2 / ‑5.7 | 146 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (71/74); minor base A (1/0); total (72/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 861,309 | 0 | T | A | 99.3% | 348.9 / ‑6.1 | 146 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (72/73); minor base C (0/1); total (72/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTACCGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCAGTTCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTAGTGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGTGTTCTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCAGTTCCGCATGGGCGGCAGGTAAAGGCGGGATTGGACTTGCAGCAACACGTCTTGTTTATAGTGAAGGTGAAGAGCAAATTAGTCT > CP042583/861032‑861585 ||| tGCAAATTGATGTGACAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTAACGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTAAAACGGCCATCACGCCAGACAAAGAAACCGGGAACAATTTGTTGCAGGATGGAGATAAGACGGTGAATTCTAAAGTTGATTATATAGATAAGGGGAAAGCGACTTCAGGTAAGGTGaa > 1:973690/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |