Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 862,814 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 862,814 | 0 | A | T | 100.0% | 848.6 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (163/187); total (163/187) | |||||||||||
* | CP042583 | 862,815 | 0 | G | C | 100.0% | 841.4 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (163/187); total (163/187) | |||||||||||
* | CP042583 | 862,816 | 0 | T | A | 99.7% | 846.1 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (162/187); minor base C (1/0); total (163/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
GTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTAGTGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATAGCTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATAGTACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGAGTGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAAAGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCAAAATGGTTACACCATTTACCA > CP042583/862534‑863088 ||| tgtgtgCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATgg < 2:852973/288‑1 (MQ=255) aTTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCgtagt < 1:2807772/289‑1 (MQ=255) attCCGGATGCAAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCg < 1:410115/289‑1 (MQ=255) ttCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGc > 2:3063063/1‑289 (MQ=255) 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aaatttaacgaacGCAAAATGGCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTc < 2:1466022/276‑1 (MQ=255) tttcagtACCGCAAAACGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTTGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCctct < 2:3315746/284‑1 (MQ=255) gCCATCAAAAGGAATGTCCGTGGTTATGTGCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCg < 2:1985056/289‑1 (MQ=255) 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ccTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCg > 1:1234618/1‑289 (MQ=255) ccTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCg > 1:1968713/1‑289 (MQ=255) cTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCGa < 2:115485/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |