Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 863,837 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 863,837 | 0 | A | T | 100.0% | 1252.8 / NA | 517 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 863,838 | 0 | G | C | 99.8% | 1235.2 / NA | 517 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (255/261); total (256/261) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 863,839 | 0 | C | G | 99.8% | 1230.1 / NA | 517 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (254/261); total (256/261) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 517 total aligned reads displayed.
TATAGCACGAGCGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGAGCCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTAGCTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTAGCCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATCGATAACGAAGGGCACACTACACAAAACCTGGGTTTAACGGAGACATTACTCGATGACGGTAACCTGAGCTACAGCGTGCAACAGGGATATAACAGCGAGGGGAAAACGGCTAATGGT > CP042583/863564‑864118 ||| tattcgacgtcgggTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTcc < 1:2220725/276‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |