Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 864,970 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 864,970 | 0 | A | T | 99.2% | 939.3 / NA | 395 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/0); new base T (199/193); total (202/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 864,971 | 0 | G | C | 99.5% | 950.2 / NA | 395 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (199/193); minor base A (2/0); total (202/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 864,972 | 0 | C | G | 99.8% | 952.1 / NA | 395 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (201/193); minor base T (1/0); total (202/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
ATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGAGTTTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAAAGCAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATAGTCCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTT > CP042583/864693‑865248 ||| atatCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGattat < 2:1276230/289‑1 (MQ=255) tACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGttt > 1:2588303/1‑288 (MQ=255) aCCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTCTATTGGCGTCAATTTTGTCGTTAAAACCCTTGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTACCAGTGGAACGAATCTCATGCTTATTATGTTTccctttctct > 2:333781/1‑281 (MQ=255) aCCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGAtt > 1:3019808/1‑288 (MQ=255) aCCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCAAATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTAGGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTCTAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGCAGAAGCAAATACGGCAGGGGTTGTTAAAGACAACATTTACAAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGGGATTg > 2:2500659/1‑289 (MQ=255) acaacaAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATa < 1:1026813/289‑1 (MQ=255) aaaTTAACTTGGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAAGCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTGTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGAc < 2:244107/289‑1 (MQ=255) aaaTTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGAc < 1:142835/289‑1 (MQ=255) cgcgAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGAc < 2:241053/271‑1 (MQ=255) gCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTcgc < 1:459343/289‑1 (MQ=255) cATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTcgccg < 1:649072/289‑1 (MQ=255) gCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCcgcg > 1:1750493/1‑286 (MQ=255) aTAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGAc > 2:799219/1‑249 (MQ=255) aTAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCATAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGAttca > 1:180053/1‑285 (MQ=255) aTAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCCTTCGCCGCGGAttca > 2:1183012/1‑285 (MQ=255) aTAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCggtttca > 2:478482/1‑283 (MQ=255) aTCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGAttcaccgt > 1:568922/1‑282 (MQ=255) cTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGCATATTGGCGTCACTTTTGCCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGAGTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCAGATGGGTATTCGCCGCGGATTGACCGTTa > 2:1822898/1‑289 (MQ=255) ttGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACTACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGt < 2:2460636/289‑1 (MQ=255) gtcattACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAAc < 2:1115397/285‑1 (MQ=255) tcattACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACa > 1:1603456/4‑286 (MQ=255) cGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACaaaa > 2:490669/1‑289 (MQ=255) 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tGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTAt > 2:3183942/1‑289 (MQ=255) gcgcTCAAACCGATGCTTATAGCGTGCAGTGTAATACTACTCAGGGGAATGCGTATATTCGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTTGATGAAGAAGCAAATACGGCAGGGTTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATGATTATGTTTCCTGGTATTGCGATAAAGAGGATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCTGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGc < 2:236110/288‑1 (MQ=255) cTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGt > 1:3313890/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |