Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 866,548 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 866,548 | 0 | A | T | 99.8% | 1019.1 / NA | 422 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 866,549 | 0 | G | C | 100.0% | 1010.2 / NA | 422 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (231/191); total (231/191) | |||||||||||
* | CP042583 | 866,550 | 0 | C | G | 99.8% | 1015.0 / NA | 422 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (230/191); total (231/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 422 total aligned reads displayed.
CGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGAAGCTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCAGCCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTAGTGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATT > CP042583/866273‑866828 ||| gggATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGAGAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTCGGCGATGTCTCCTCGACACGttttt > 2:3147831/1‑289 (MQ=255) tCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAAtt > 1:514311/1‑289 (MQ=255) cAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCCAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGGCACGTTTTTCACAGGGGCAtca > 2:145419/1‑287 (MQ=255) aCTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGga > 2:680530/1‑289 (MQ=255) 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aTCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGttttt < 1:2588292/202‑1 (MQ=255) tttACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTATCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCttttcagga < 1:1006814/288‑7 (MQ=255) tttACCAGTGAAGGAGTGAGGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCttttcagga < 1:3232982/288‑7 (MQ=255) gAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGCTAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACg > 1:1421962/1‑289 (MQ=255) gAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAGCAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACg > 1:115717/1‑289 (MQ=255) gAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAAcccc > 1:139910/1‑284 (MQ=255) 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aGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGaa < 1:3006236/239‑1 (MQ=255) gTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCTGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGAGGGCTCGCTGCCACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGACAAATCTTTCATCATTACTTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAACAAGGTTGACGTCAGCTTTTCAGGAACCCCCGACggcttgc > 2:2158994/1‑284 (MQ=255) gATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCa < 1:1630628/288‑1 (MQ=255) aTGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCAt < 2:448444/183‑1 (MQ=255) aTGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGc < 2:1537591/195‑1 (MQ=255) aTGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCaga > 1:87876/1‑289 (MQ=255) gAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGt > 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |