| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 867,020 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 867,020 | 0 | A | T | 99.3% | 667.1 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (140/141); minor base C (1/1); total (142/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 867,021 | 0 | G | C | 99.7% | 670.1 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (141/143); total (142/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 867,022 | 0 | C | G | 99.7% | 670.6 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (141/141); total (142/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
TGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGAGCGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTAAGCCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAAAGCATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGAGCACAGTGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGA > CP042583/866742‑867299 ||| tgCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTAt > 1:1341855/1‑289 (MQ=255)tgCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTAt > 1:2586044/1‑289 (MQ=255) aaGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTa < 2:2007318/289‑1 (MQ=255) aaatatTGAGTCCACTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTa < 2:1886234/286‑1 (MQ=255) aGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTa < 2:751941/288‑1 (MQ=255) ttGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTa < 2:1289954/283‑1 (MQ=255) ttGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTa > 1:1289954/1‑283 (MQ=255) cTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAg > 1:2057363/1‑288 (MQ=255) gCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATc < 2:977752/288‑1 (MQ=255) cGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGGCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAAt > 1:1043145/1‑286 (MQ=255) gAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCt < 1:1182568/288‑1 (MQ=255) cTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGGGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAGCAGCTTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCCGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCttatt < 1:195636/287‑1 (MQ=255) cAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATAc > 1:787225/1‑262 (MQ=255) cAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAg > 1:2845235/1‑289 (MQ=255) ccTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTa > 1:2768857/1‑248 (MQ=255) tACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTTAATTTCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCCGCCGACAGAAAATCGATATCTCTTTTACTGACTAATACCAGTAAGGAATCCTGGCTTATTAACACTaaaa > 2:49222/1‑289 (MQ=255) cATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGAGGAACGCGATTTATATTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTAACTAATACAAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATc > 1:826981/1‑289 (MQ=255) gCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAAcc > 1:926417/1‑289 (MQ=255) gCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAAc > 1:2934475/1‑288 (MQ=255) 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ttAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATAc > 2:781942/1‑237 (MQ=255) ttAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTgg > 1:212585/1‑289 (MQ=255) cAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGTGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTa < 2:246369/211‑1 (MQ=255) cAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCg > 2:1676823/1‑289 (MQ=255) aCCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCgtcgacagt > 1:1467738/1‑281 (MQ=255) tGTCAATAGCGTTGTGGAGTCGGGTAAATTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGTCGACAGTGcc < 2:2506836/289‑1 (MQ=255) 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aaTAGGGTTGTGCAGTCGGGTAAAGTGAAGTCCAGCGCGACATGTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGTCGACAGTGCCAGCa < 2:2934475/289‑1 (MQ=255) aaTAGAGATGTGCAGTCGGGTAAAGGGAAGGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTATTACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGTCGACAGTGCCAGCa < 2:1125664/289‑1 (MQ=255) tgtgCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTa < 1:768323/188‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |