Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 868,612 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 868,612 | 0 | A | T | 99.4% | 824.0 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (162/182); minor base C (1/1); total (164/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 868,613 | 0 | G | C | 99.7% | 829.3 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (162/184); total (164/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 868,614 | 0 | C | G | 100.0% | 836.1 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (164/184); total (164/184) |
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
ACCATAAATATGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGAGTCTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACAGCGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCAGTCTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGA > CP042583/868337‑868891 ||| tgCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATTAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGTTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGAt > 2:3220072/1‑289 (MQ=255) aTCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGCTTCGGTTATCGCTGCGCGTTAAAAGATtgctg > 2:157178/1‑289 (MQ=255) aGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTg < 1:1001166/266‑1 (MQ=255) gcgcCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGcctcactgg > 1:2370542/1‑282 (MQ=255) 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tCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTAt > 1:3007927/1‑288 (MQ=255) agaaTTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGtttt < 1:189054/289‑1 (MQ=255) agaaTTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGAACAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGtttt < 1:368736/289‑1 (MQ=255) 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atatTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTAc < 1:329777/289‑1 (MQ=255) tatgtgtGGGGTTGTTGCAACCAATACCACTCTCGATCGTTATCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTTCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCGTCAGTTAAAAAGCACCGACATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACAGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTAcc < 2:1886998/283‑1 (MQ=255) tGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCat > 1:659923/1‑289 (MQ=255) 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