| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 870,953 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 870,953 | 0 | A | T | 99.5% | 893.9 / ‑2.1 | 378 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (191/184); minor base . (1/1); total (193/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 870,954 | 0 | G | C | 99.5% | 888.1 / ‑1.7 | 378 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (192/183); minor base . (1/1); total (193/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 870,955 | 0 | C | G | 99.2% | 898.0 / ‑3.8 | 378 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (192/183); minor base T (1/2); total (193/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 378 total aligned reads displayed.
TGCTCGAAATCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTG‑AATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCAGCCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACAGAGATGTTTAATCCTGGCGCGACCTTCGCTGTCCACTTCAGTGGTTTGAATGACACCATCCGCAACAGTCAGTACGGCGCGATGAAAGTGAAAGACGCGATCGTCGATGCTTTCACGCGGAAAAATCTGCCGCGTCCAAATGTTGATCGCGATGCGCCGGATATCCGCGTTAACGTCTGGCTGCATAAAGAAACCGCC > CP042583/870677‑871234 ||| gAAATCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTG‑AATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGcc > 1:2142086/1‑288 (MQ=255) aaaTCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTG‑AATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCg > 2:2250609/1‑288 (MQ=255) ccTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTG‑AATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTggg < 1:344688/289‑1 (MQ=255) tgtACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTG‑AATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGc > 1:2317816/1‑277 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |