| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 879,552 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 879,552 | 0 | G | C | 99.7% | 856.3 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 879,553 | 0 | C | G | 99.7% | 854.3 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (193/164); total (193/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 879,554 | 0 | T | A | 100.0% | 864.3 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (193/165); total (193/165) | |||||||||||
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
ACCACCCGTTTCGGTCATTTTGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGGCTTGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAGATGGTGAATTTGCCTTCTTCTACCGCTTTCACCAGTTCACTGTGAAGACTTAAATGGCGAACGTTAGCTGTGGGGATAATGACACCTTGTTTCCCGGTTAACTCACGTTGCTGGCAAATAGCAAAGAAGCCTTCGATTTTCTCATTTAAACCACCGACCGGCTGGG > CP042583/879274‑879832 ||| ccGTTTCGGTCATTTTGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa < 2:916830/289‑1 (MQ=255) 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gACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGACAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCATACCAGATCTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCg > 2:2631259/1‑289 (MQ=255) aagaagGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGcc < 1:967115/288‑1 (MQ=255) aagaagGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGcc < 1:2063261/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |