| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 477,714 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 477,714 | 0 | A | T | 98.6% | 681.9 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (139/149); minor base C (1/3); total (140/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 477,715 | 0 | G | C | 99.3% | 682.8 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (140/149); total (140/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 477,716 | 0 | C | G | 99.0% | 677.2 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base G (139/150); total (140/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
CGCGAAACCGGCGGTACGGCGACCCAGACTGAAGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCAGCCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGACGCTGCTACCTGGCGTGGATGCCGCGACCCGCACGCTGCAGCTGCGTCTGGAAGTCGACAACGCCGACGAGGCGCTAAAACCGGGCATGAACGCCTGGTTGCAACTCAACACCGCCAGCGAACCGATGCTGCTCATTCCGAGTCAAGCGCTGATTGATACCGGCAGCGAACAGCGGGTGATTACCGTTGATGCCGACGGGCGCTTTGTACCGAAAC > CP042583/477435‑477990 ||| cgcgAAACCGGCGGTACGGCGACCCAGACTGAAGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCCTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGttt > 2:3312307/1‑288 (MQ=255) gAAACCGGCGGTACGGCGACCCGGACTGAAGGCATTCTTGGGCGGCGGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTAcc < 2:708621/288‑1 (MQ=255) aaaCCGGCGGTACGGCGACCCAGACTGAAGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTAccc > 1:1470957/1‑288 (MQ=255) ggCGACCCAGACTGAAGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACGCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGAACCCGGAGGCTATCGCCTGGCTGGGTAAAGATGCCTCGCAGTTTCCCCCCACCGTTCCTgc > 2:1940629/1‑288 (MQ=255) aCCCAGACTGAAGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGa < 2:311583/288‑1 (MQ=255) aGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAac > 1:3270650/1‑288 (MQ=255) ttCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCa > 2:181625/1‑288 (MQ=255) ttCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCa > 1:1205945/1‑288 (MQ=255) ttCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCa > 1:472296/1‑288 (MQ=255) ttCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCGGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGGTAAAGATGCCCCGCAGGTTACCCCCCCCGTTCCGGCCCGACCGGGAAAAacacccc > 2:2792133/1‑285 (MQ=255) 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tGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTTCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCCCATGTTACCCTCACCCTTCCGGCGCCGCCGGAAAAAACAACCACCCTCCGCAAATGGACGCCGCCACCta > 2:1735805/1‑287 (MQ=255) gATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGACGCTGCTACCTGGCGTGGATGcc < 2:897297/288‑1 (MQ=255) cgccgcCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGGAATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGA‑CCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGACGCTGCTACCTGGCGTGGATGCCGCGACCCg < 1:2618806/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |