Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 478,421 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 478,421 | 0 | A | T | 99.1% | 837.2 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (163/183); minor base C (3/0); total (166/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 478,422 | 0 | G | C | 99.7% | 837.9 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (165/185); total (166/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 478,423 | 0 | T | A | 99.4% | 839.2 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (164/185); minor base C (2/0); total (166/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
CATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCAGCGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGAGCGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCAGTCAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTAGCCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCAGTTTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCG > CP042583/478143‑478699 ||| aTGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGc < 1:316193/289‑1 (MQ=255) tGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCg < 1:2130719/289‑1 (MQ=255) gcgcATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGa < 2:2886687/289‑1 (MQ=255) gcgcATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCCCACAGTTTGGCg > 2:2470362/1‑288 (MQ=255) cgcATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGa > 2:3301105/1‑288 (MQ=255) ttGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCtt < 2:2439181/289‑1 (MQ=255) ttGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTGCCCCCAGTTTGTCGACTCtt > 2:2146755/1‑289 (MQ=255) tGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑TTCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTa > 2:363422/1‑289 (MQ=255) gAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGa < 1:1124108/278‑1 (MQ=255) aTAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTAt > 2:1692059/1‑289 (MQ=255) tGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTgg > 2:2077046/1‑265 (MQ=255) tGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCCCACAGTTTGCAGACTCTTAtgtt > 2:1124108/1‑277 (MQ=255) gAATGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCg < 1:1969759/262‑1 (MQ=255) aTGGATTATTCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGAt < 1:579844/289‑1 (MQ=255) attattCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGa > 1:1492510/1‑257 (MQ=255) ttattCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCa < 1:2836616/288‑1 (MQ=255) ttattCGTCGCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCa < 1:995702/288‑1 (MQ=255) tcgtcgCTCGGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATAGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGAt < 1:828908/289‑1 (MQ=255) cgtcgctcggTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATc < 2:2256353/280‑1 (MQ=255) 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ttttGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGa < 1:1371679/229‑1 (MQ=255) cgcgTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTAt < 1:2572919/220‑1 (MQ=255) gcgTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAAc < 2:2823405/288‑1 (MQ=255) gcgTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAAc < 2:1331033/288‑1 (MQ=255) cggtgttTCTGGGGCACTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAAcc < 1:504468/285‑1 (MQ=255) aGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGttt > 1:2818616/1‑195 (MQ=255) tcatTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGctgc < 2:1544459/273‑1 (MQ=255) catTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGACGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCACTTGCGAAGATGGCACCGCTCCGTACTGGGCGCGTTCACGGGTGCTGGCTTACATCAACCAGGTa > 2:3060426/1‑259 (MQ=255) aTACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGa < 2:851925/199‑1 (MQ=255) 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CATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCAGCGTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAA‑CCAGCT‑ATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGAGCGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGC‑GGTTTCAGTCAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTAGCCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCAGTTTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCG > CP042583/478143‑478699 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |