| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 478,487 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 478,488 | 0 | G | C | 99.7% | 800.9 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (160/173); minor base A (1/0); total (161/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 478,489 | 0 | C | G | 99.7% | 801.6 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (160/173); minor base A (1/0); total (161/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
TGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGAGCGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCAGTCAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTAGCCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCAGTTTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGAGCGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATC > CP042583/478212‑478768 ||| tGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCt < 1:3301105/289‑1 (MQ=255) gcgTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAAcc < 1:2114239/289‑1 (MQ=255) gcgTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAAc < 2:1331033/288‑1 (MQ=255) cgTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCa > 1:1405878/1‑289 (MQ=255) cccggACCATAATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCt < 1:3060426/256‑1 (MQ=255) cTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGACGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTCCCTCAACCAGTTACAGGGTAAGCTGCCTGCaggg > 2:2760107/1‑288 (MQ=255) tcatTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGctgc > 1:1544459/1‑273 (MQ=255) tcatTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGctgc < 2:1544459/273‑1 (MQ=255) cAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCACGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGACTGGCGCGAAGCCTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGAACCGTACTGGGCGCGTTCGTGGGTACTGGAGTACCTCAACCAGGTACACGTTAAGCAGCCGGTGTGAGTCAGTGACCATCTggggta > 2:3062440/1‑287 (MQ=255) gTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAgg < 2:1311247/250‑1 (MQ=255) 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ctctcCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCt < 1:1712184/289‑1 (MQ=255) ctcCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGt > 2:2838227/1‑225 (MQ=255) ctcCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTgg < 2:3017654/289‑1 (MQ=255) 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ttattattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATg < 2:681804/288‑1 (MQ=255) tattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTa < 1:1024338/276‑1 (MQ=255) tattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTa > 2:1024338/1‑276 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |