Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 897,424 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 897,424 | 0 | A | T | 99.6% | 632.8 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,425 | 0 | G | C | 99.6% | 638.5 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (148/122); minor base A (1/0); total (149/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,426 | 0 | C | G | 99.6% | 639.2 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (148/122); total (149/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CATTCCCGGATATTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACAGCTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGAGCGTCGATCGCATGATGAGCGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGAGTACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGCGCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCTCGCCACTGCTTCCACGGAAAAA > CP042583/897155‑897705 ||| cATTCCCGGATATTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGACGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGATACTCGTGGATCAAAGCGcccc > 1:2654254/1‑286 (MQ=255) tatTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGt < 1:139412/289‑1 (MQ=255) tatTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGGGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCggg > 1:1534612/1‑288 (MQ=255) tGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGt > 2:319938/1‑286 (MQ=255) ccAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAAcgc > 2:2986711/1‑289 (MQ=255) gctctgATGACTGGGGGCGGGGTGATTACGGGAGGATTAAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTGGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGgcg < 2:3005247/285‑1 (MQ=255) tgctgGTGCCTGGTGTGGGTGGGATTAACGGAGACTTCAACAATGTGCGGCCAGTGGAGTTGGTTGAGCC‑‑‑GCAGAAGGTGCAGCAGTTTGTCGCACACGCCTGGTATCTATATCCCAACGATCATGTGCGGCGTCATCCGTTCGATGGCCTCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGgcgcg < 2:1943910/289‑1 (MQ=255) 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aacaaTGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCg > 2:3126960/1‑289 (MQ=255) tgctgcCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACTGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTgagtc > 1:1162490/1‑287 (MQ=255) tgctgcCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACg < 2:2786199/205‑1 (MQ=255) tgctgcCAGTGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGgcgcg > 2:941368/1‑244 (MQ=255) agagagggATTGGGTTGAACG‑‑‑GCAGCAGGTGCATGCGTTGGTCGCCCCCGCCGGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTgagtcggt < 2:77869/282‑6 (MQ=255) tGGATTTGGTTGATCC‑‑‑GCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGA‑CCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCGGCGACCGtttggtccgttgatc > 2:2210863/1‑275 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |