Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 897,976 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 897,976 | 0 | A | T | 99.5% | 1002.3 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (213/201); minor base G (0/2); total (213/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,977 | 0 | G | C | 99.8% | 987.2 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (213/201); total (213/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,978 | 0 | T | A | 99.5% | 998.6 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (211/202); minor base C (2/0); total (213/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 416 total aligned reads displayed.
ATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGG‑GCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTAGTACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTT > CP042583/897705‑898257 ||| cTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGG‑GCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAg < 1:3316079/289‑1 (MQ=255) cgaaagtcggcggcggtgTCGGGGGTAGCGTAGCGCCGCGCGGGTGCG‑TGGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGAAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCAGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGATCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGAt < 2:2977175/275‑1 (MQ=255) ccGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGG‑GCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTGGACCCGTTCCTCGCCTGTTCAACACACGTCCTGGTCGACGCAGGTACCTAGCTGGTTCCAGTGCAg > 2:3089732/1‑289 (MQ=255) tgtCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGG‑GCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGt > 1:1563417/1‑289 (MQ=255) tCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGG‑GCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCa < 2:323803/280‑1 (MQ=255) ggg‑gCGTTGGGCCACGGGGCCGCAATTCGCGATGGGAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATg < 2:3166729/288‑1 (MQ=255) cTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGAt < 1:1511931/234‑1 (MQ=255) cTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGAc > 1:1815569/1‑289 (MQ=255) gggCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACaa < 1:1117585/289‑1 (MQ=255) cgccATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGtt > 1:93926/1‑289 (MQ=255) cATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGt < 1:1733096/288‑1 (MQ=255) tCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGc < 1:1444107/289‑1 (MQ=255) tGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTa < 1:1903331/288‑1 (MQ=255) tGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTAt > 1:2838545/1‑289 (MQ=255) tctcTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTTCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAAACATCCTGAAACAGCAAAGCTACAACCGTTTCAGCACCTATGTCGTTTAAgc > 2:1155174/1‑288 (MQ=255) gtctACCAGTGCGGGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAgcgc < 2:2230698/288‑1 (MQ=255) 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accaccTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCg < 1:3043164/206‑1 (MQ=255) accaccTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGACGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTTAAGCCCCAGTGCGCATCTGGCCCTggg > 2:1724852/1‑288 (MQ=255) accTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGa < 2:415341/289‑1 (MQ=255) accTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGa < 1:3089732/289‑1 (MQ=255) cgggAACGCGAGCCCGCGCGATACCAAAGGGCAGATGGGGGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACg < 2:2441271/287‑1 (MQ=255) cTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACg < 1:3146388/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |