Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 898,468 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 898,468 | 0 | A | T | 99.4% | 794.4 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (157/175); minor base G (2/0); total (159/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 898,469 | 0 | G | C | 99.7% | 786.1 / ‑5.3 | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/175); minor base A (1/0); total (159/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 898,470 | 0 | C | G | 100.0% | 798.3 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (159/175); total (159/175) |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
CAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGAGCGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACAGTATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGTCATGTCTACATGGCGCTGCGTGAAGACATCATGTCCGACGACACGGTGATCTCCACCATGGTCAACGGCTACCGTAGCCACAAATTTGGCAAAATAAGTAACAAGGA > CP042583/898188‑898748 ||| gaCTTAGCTGTTCTATTTGGGCTTCATCAGGTTATTTCCCTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATTTACTGCGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCGGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCAc < 2:247309/288‑1 (MQ=255) tttCTGTTCTATATGGGCTACAGCAGGTTAGTTCACTTCGGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCGGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGtt < 2:1695480/287‑1 (MQ=255) ttgcttgtCTATATGTGCTACATCAGGTTAATTCCTGTCAGCGCCGGGATTGTTTTTCACATGGTTTTGCGGGTGCGGATGTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTTGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGtt < 2:1872046/282‑1 (MQ=255) tagcttttCTATATGGGCTAGATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGtt < 2:2643052/283‑1 (MQ=255) 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atatGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGtt > 2:737574/1‑279 (MQ=255) tatGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATg > 1:1788875/1‑265 (MQ=255) tatGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTgcg < 2:3091778/283‑1 (MQ=255) tatGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCGTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTTTAc > 1:3238866/1‑289 (MQ=255) gggCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGG‑TTTGCGCTGTACAGCg > 1:2755883/1‑289 (MQ=255) gCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATg > 1:3048241/1‑260 (MQ=255) 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gCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTCATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTAGCAGGGCGCGTGGTATGAAATCCGCTGGCATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCCTCCAGGCCTGACTGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCCCTGGTTTTGTGCTGTACAGcca > 2:1915216/1‑287 (MQ=255) tACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGaa < 1:3132595/288‑1 (MQ=255) aTCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGTAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGAAGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATCAGCATCCCTGGTTTTGCGCTGTTCTGCGAacac > 2:2246346/1‑288 (MQ=255) 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cgcCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTgcg > 1:1685421/1‑253 (MQ=255) gcCGGGATGGTTTGTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTgcg < 1:2197321/288‑1 (MQ=255) cGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGtt > 2:1553687/1‑245 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |